M&A・第三者承継

【2026年最新】医療機関・診療所の事業承継｜売却相場5,000万〜数億円・医療法人化・院長交代の進め方

📅 2026年4月27日 🔄 2026年5月4日
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【30秒で確認】医療機関の事業承継 業界特性早見表

医療機関の承継は医師免許の引継ぎ、医療法人化の有無で手続きが大きく異なります。

項目個人診療所医療法人
売却相場3,000万〜1億円1〜数億円
主な買い手独立医師・医療チェーン大手医療法人・PEファンド
必要な許認可医師免許＋診療所開設届（買い手で再申請）医療法人定款変更＋知事認可
事業価値の中核院長個人の技術・地域信頼複数医師確保・組織体制
所要期間6ヶ月〜1年1〜2年
主なリスク前院長の信頼患者の離脱医師退職連鎖・医療事故引継

📌 医療機関M&A最大の落とし穴：「持分あり医療法人」と「持分なし医療法人」で承継方法が全く違うこと。持分なしの場合は出資持分の払戻しができないため、創業者利益の確保方法を事前検討が必須。

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「個人診療所を30年続けてきたが、子どもは別の専門の医師として働いている」

「医療法人の理事長交代で気をつけることは何か」

「クリニックを売却したいが、患者さんと従業員のことが心配」

医療業界も事業承継問題が深刻な業種です。日本医師会の調査では、診療所の院長平均年齢は60代で、後継者不在率は他業種を上回ります。医療法人の理事長交代・個人診療所の譲渡・診療科目の引き継ぎなど、医療業界特有の論点が承継を難しくしています。

しかし、医療M&A市場は活発で、「クリニック承継M&A」という専門サービスも登場しています。適切に進めれば、数千万〜数億円の対価を得て引退でき、患者さんと医療スタッフを残せます。

この記事では、クリニック・診療所の事業承継について以下のことが分かります。

「クリニックを残したい」「医療法人の承継が不安」と考える医師の方は、最後までお読みください。

クリニック・診療所の事業承継が他業種と違う5つの特徴

1. 後継者は医師資格が必須

クリニックを承継するには後継者が医師免許保持者であることが絶対条件です。M&Aや事業承継でも、買い手は医師または医師を雇用できる医療法人に限定されます。これが他業種との最大の違いです。

2. 医療法人と個人診療所で承継方法が大きく異なる

個人診療所と医療法人では承継の手続き・税務・規制が大きく異なります。医療法人の場合、出資持分の有無（持分あり医療法人 vs 持分なし医療法人）でさらに承継方法が変わります。

3. 患者カルテ・診療実績が最大の資産

クリニックの最大の資産は患者カルテ・診療実績・地域での評判です。物理的な医療機器より、これらの無形資産の方が価値が高い場合が多くあります。

4. 患者との長期的な信頼関係

クリニックは「先生との信頼関係」で患者が通院しているケースが多く、院長交代で患者離れが発生するリスクがあります。承継時の引き継ぎ期間と新院長との関係構築が事業継続のカギです。

5. 医療法・薬機法・健康保険法など複雑な法規制

医療業界は多重の法規制に縛られています。保険医療機関指定・施設基準届出・薬剤管理など、承継時に多数の届出・手続きが必要です。

クリニックオーナーが選べる4つの選択肢

選択肢1: 親族内承継（医師の子・配偶者）

医師である子ども・配偶者にクリニックを引き継ぐ方法。医療業界で最も伝統的な承継パターン。後継者の医師免許保有が前提です。

選択肢2: 勤務医への承継（MBO）

長年勤務した勤務医に承継する方法。クリニックの実情を熟知した後継者に渡せるため、患者・スタッフの引き継ぎがスムーズ。

選択肢3: 第三者へのM&A・売却

同じ診療科の医師や、医療法人グループに売却する方法。医療M&A市場が活発化しており、適切な買い手を見つければ高値で売却できます。

選択肢4: 廃業（最後の選択肢）

クリニックの廃業には患者の他医療機関への引き継ぎ・カルテの保管・原状回復などで500万〜数千万円のコストがかかります。患者・地域への影響が大きく、できる限り避けたい選択肢です。

4つの選択肢の比較表

選択肢準備期間得られる対価後継者要件
親族内承継5〜10年相続・贈与医師免許保有の親族
勤務医MBO3〜5年譲渡対価勤務医
第三者M&A6〜18ヶ月売却益（数千万〜数億円）医師・医療法人
廃業3〜6ヶ月マイナス500万〜数千万円—

業態別の売却相場（クリニック）

個人診療所

個人事業主として運営している診療所。営業権＋医療機器評価＋営業利益2〜3年分が一般的。診療科目・立地・患者数で評価が大きく変わります。

医療法人（持分あり）

2007年以前に設立された持分あり医療法人は、出資持分を売却することでM&Aが可能。純資産＋営業権で評価されます。出資持分の評価額が高額になるケースが多く、税務対策が必須。

医療法人（持分なし）

2007年以降設立の持分なし医療法人は、出資持分が存在しないため、理事長交代・社員交代で承継。M&Aの対価設定が複雑で、専門家のサポート必須です。

診療科別の相場

診療科売却相場評価ポイント
内科・小児科3,000万〜1億円患者数・地域シェア
整形外科・皮膚科5,000万〜2億円診療実績・自費診療
眼科・耳鼻科5,000万〜3億円専門医療機器・手術実績
美容クリニック1億〜10億円自費診療売上・指名患者
歯科3,000万〜1.5億円チェア数・自費診療比率

クリニック価値を上げる「磨き上げ」7つのポイント

  1. レセプト件数の安定化：月間レセプト数の維持・増加
  2. 自費診療の拡充：保険診療より高単価で利益率UP
  3. 医療スタッフの定着：看護師・受付の長期勤続
  4. 電子カルテ・予約システムの整備：業務効率化と引き継ぎやすさ
  5. 財務諸表の透明化：3年分の決算書クリーン化
  6. 医療機器の更新：最新機器への投資で承継後の価値維持
  7. 地域連携の強化：他医療機関・介護事業所との関係

これらを整えることで、売却価格が1.3〜1.8倍に上がるケースもあります。

院長交代・理事長交代の手続き

個人診療所（廃業＋新規開業）

個人診療所の承継では、旧院長の廃業届と新院長の開業届が必要。同じ場所で診療を続ける場合でも、形式上は廃業・新規開業の手続きになります。保険医療機関指定も新規取得が必要。

医療法人（理事長交代）

医療法人では「理事長交代」「社員交代」で承継。法人格は維持されるため、保険医療機関指定・施設基準届出は継続。ただし都道府県への変更届が必要です。

個人→医療法人化のタイミング

承継を機に個人診療所を医療法人化するケースもあります。法人化することで承継時の手続きが大幅に簡素化され、税務面でも有利になることが多いです。

カルテの保管義務

診療カルテは診療終了から5年間の保管義務があります。承継時にカルテをどう引き継ぐか、廃業の場合は誰が保管するかを明確にする必要があります。

クリニックM&Aの流れ｜7ステップ

STEP1: 売却方針の決定（1ヶ月）

「個人診療所として承継」「医療法人化して承継」「廃業＋他院引き継ぎ」のどれを選ぶか決定。引退時期・引継ぎ期間から逆算して計画を立てます。

STEP2: 簡易査定（2週間）

医療M&Aに強い仲介会社で無料査定。診療科・立地・患者数・自費診療比率などで評価が決まります。

STEP3: 仲介会社選定（2週間）

医療特化型のM&A仲介会社か、医師向けマッチングサイトを選びます。医療業界知識のある仲介者でないと、診療科特性・自費診療・医療機器の価値を適切に評価してもらえません。

STEP4: 買い手探し・面談（3〜6ヶ月）

同じ診療科の医師・医療法人グループ・異業種参入企業など、複数の買い手と面談。匿名情報からスタートし、興味を示した相手にのみ詳細を開示します。

STEP5: 基本合意・院長面談（1ヶ月）

条件が合う買い手と基本合意契約。新院長との診療方針・スタッフ雇用・引き継ぎ期間などを確認。最も重要な交渉ポイントです。

STEP6: デューデリジェンス（買収監査）（1〜2ヶ月）

医療業特有のDDとして、「医療DD・労務DD・コンプライアンスDD」が実施されます。レセプト不正・施設基準違反・薬機法遵守などが詳しく調査されます。

STEP7: 最終契約・引継ぎ期間

最終契約締結後、3〜6ヶ月の引継ぎ期間で患者・スタッフへの引継ぎを実施。前院長は名誉院長や医療顧問として関与継続するケースも多くあります。

クリニックM&Aで気をつけるべき5つの落とし穴

落とし穴1: 患者の離反

「先生との信頼関係」で通院していた患者が、院長交代で他院に移るリスクがあります。3〜6ヶ月の引継ぎ期間で新院長と患者の関係構築が必須です。

落とし穴2: 医療スタッフの離職

看護師・受付スタッフが「前院長と一緒に辞める」と言うケースが多発。譲渡前にスタッフと個別面談し、雇用継続・処遇改善を約束することが必須です。

落とし穴3: レセプト不正・施設基準違反

過去のレセプト不正・施設基準違反が発覚すると、保険医療機関指定取消・診療報酬返還命令のリスクがあります。事前にコンプライアンスDDで徹底チェックを。

落とし穴4: 個人保証・連帯保証の解除

医療機関の銀行融資には院長個人保証がついていることが多くあります。承継後も保証責任が残らないよう、事前に保証解除の交渉が必要です。

落とし穴5: 患者カルテの個人情報保護

患者カルテは超センシティブな個人情報。承継時のカルテ引継ぎは、個人情報保護法・医師法に基づく適切な手続きが必要です。

クリニックM&Aの成功事例3選

事例1: 内科クリニックを8,000万円で売却したA医師（68歳）

東京で30年内科診療を行ってきたA医師。レセプト件数月800件・地域密着型が評価され、若手内科医に8,000万円で売却。スタッフ全員の雇用継続も実現。A医師は名誉院長として週1日勤務を継続しています。

事例2: 美容クリニックを5億円で大手グループに売却したB医師（55歳）

都内の美容クリニックB医師は、自費診療売上2億円・SNS集客力を高く評価され、大手美容医療グループに5億円で売却。M&A後も院長として2年間継続し、後継医師を育成しました。

事例3: 持分あり医療法人を勤務医にMBO譲渡したC医師（72歳）

関西の眼科医療法人C医師は、10年勤続の勤務医に出資持分を譲渡。譲渡価格1.5億円を日本政策金融公庫の医療従事者向け融資で調達。C医師は理事として残り、3年かけて段階的に引退。

クリニックオーナーにおすすめの相談先

1. 医療M&A特化型仲介会社

「日本クリニックM&Aセンター」「メディカルアライアンス」など、医療業界に特化した仲介会社が複数存在。診療科ごとの評価・買い手ネットワークが豊富です。

2. 医師会・医師向け団体

日本医師会・地域医師会で事業承継相談を実施。同業医師同士のマッチング機会もあります。

3. 医療業に強い顧問税理士

医療法人会計・診療報酬・出資持分評価などの医療業特有の論点に詳しい税理士を選びましょう。一般の税理士では対応が難しいケースが多くあります。

4. 事業承継・引継ぎ支援センター

全国47都道府県の無料相談窓口。医療業向けの相談員もおり、最初の相談先として最適です。

よくある質問（FAQ）

Q. 子どもが医師でも別の専門科の場合、承継できる？

A. 可能ですが、診療科目を変更するか、または転科して同じ診療科で継続するか選択が必要。患者離れのリスクがあるため、3〜5年の準備期間が望ましいです。

Q. 売却にはどのくらいの期間がかかる？

A. 一般的に6〜18ヶ月。医療業はDD（特に医療DD）と引継ぎ期間に時間がかかります。

Q. 患者カルテはどう扱われる？

A. 医師法に基づき5年間の保管義務があります。承継時に新院長へ引き継ぐ場合は、患者の同意取得・個人情報保護法遵守が必要です。

Q. 持分あり医療法人の出資持分はどう評価される？

A. 純資産価額方式で評価されることが多く、簿価より高額になる傾向。承継時の税務対策として「認定医療法人制度」の活用も検討すべきです。

Q. 売却した後も診療を続けられる？

A. はい。名誉院長・医療顧問・週1日診療として関与を継続するケースが多くあります。患者引継ぎの観点から、買い手側もこれを望むことが多いです。

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まとめ｜クリニックの事業承継は「患者と医療スタッフ」がカギ

クリニックの事業承継は、「患者との信頼関係・医療スタッフの確保・適切な後継医師の選定」が成功のカギです。医療業界特有の規制と専門性を理解した適切な準備が必須です。

事業承継を検討するクリニックオーナーが今すぐやるべき3つの行動はこちらです。

  1. 医療M&A特化仲介会社で簡易査定：診療科ごとの評価を確認
  2. 後継者候補の検討：親族・勤務医・第三者の中から
  3. 医療スタッフとの対話開始：雇用継続の意思を確認

医療業界のM&A市場は活発で、適切な準備をすれば数千万〜数億円の対価を得て引退できる時代です。早めの行動が、理想的な承継と患者・スタッフへの責任を果たせます。

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