株式譲渡 vs 事業譲渡｜税務・許認可・従業員継承の違いを完全比較【2026年】
「会社をM&Aで売却するけど、株式譲渡と事業譲渡、どっちがいい？」
「税金が安いのはどっち？許認可は引き継げる？」
「赤字でも売却できる方法は？」
M&Aで会社を売買する際、最も重要な選択が「株式譲渡」と「事業譲渡」のどちらを選ぶかです。この2つは、手続き・税務・許認可・従業員の引き継ぎなど、ほぼすべての面で大きく異なります。選択を誤ると、税金が数千万円違う・許認可を失う・従業員が離反するなど致命的な結果を招くこともあります。
この記事では、株式譲渡と事業譲渡の違いを、税務・法務・実務の3つの観点から完全比較。あなたのM&Aに最適な手法が分かります。
この記事で分かること：
- 株式譲渡と事業譲渡の根本的な違い
- 税務面での違い（売り手・買い手それぞれ）
- 許認可・従業員・契約の引き継ぎ方法
- 業種・状況別のおすすめ手法
- 失敗事例と成功事例
「M&Aの手法選びで失敗したくない」「税理士に相談する前に基本を押さえたい」と考える経営者の方は、最後までお読みください。
株式譲渡と事業譲渡の根本的な違い
株式譲渡とは
会社の株式（オーナー権）を買い手に売却する手法。法人格はそのまま維持され、買い手は会社全体（資産・負債・契約・従業員すべて）を引き継ぎます。
イメージ：「会社まるごと丸ごと譲渡」
事業譲渡とは
会社が保有する事業の全部または一部を買い手に売却する手法。法人格は売り手側に残り、買い手は引き継ぐ事業の資産・負債・契約を個別に取得します。
イメージ：「会社の中の特定事業だけ切り出して譲渡」
根本的な違いを表で比較
| 項目 | 株式譲渡 | 事業譲渡 |
|---|---|---|
| 譲渡対象 | 会社の株式 | 事業の資産・負債 |
| 法人格 | そのまま維持 | 売り手に残る |
| 許認可 | 原則引き継ぎ | 新規取得が必要 |
| 従業員 | 自動的に継承 | 個別に再雇用 |
| 契約 | 自動的に継承 | 個別に承諾必要 |
| 簿外債務リスク | あり（買い手） | なし（買い手） |
| 手続きの複雑さ | シンプル | 複雑 |
税務面での違い｜売り手の税金
株式譲渡の場合（売り手）
株式譲渡では、売り手（株主）に譲渡所得税が課税されます。
- 税率：20.315%（所得税15% + 復興特別所得税0.315% + 住民税5%）
- 分離課税のため、他の所得と分離して計算
- 譲渡対価 – 取得費 – 譲渡費用 = 譲渡所得
計算例：株式を5,000万円で売却（取得費1,000万円）の場合
- 譲渡所得 = 5,000万円 – 1,000万円 = 4,000万円
- 税金 = 4,000万円 × 20.315% = 約813万円
事業譲渡の場合（売り手）
事業譲渡では、会社（法人）に法人税が課税されます。さらに譲渡対価が法人に入るため、株主が手元にお金を入れるには別途配当・減資が必要です。
- 法人税率：約30〜34%（実効税率）
- 譲渡益（譲渡対価 – 譲渡資産の簿価）に課税
- 株主が現金化するには配当（さらに所得税）が必要
計算例：事業を5,000万円で売却（譲渡資産簿価1,000万円）の場合
- 譲渡益 = 5,000万円 – 1,000万円 = 4,000万円
- 法人税 = 4,000万円 × 30% = 約1,200万円
- 残額3,800万円を配当 → 配当所得税約20% = 約760万円
- 合計税負担：約1,960万円
売り手の税負担比較
同じ5,000万円の取引でも、税負担は株式譲渡が圧倒的に有利（813万円 vs 1,960万円）。これが「売り手は株式譲渡を望む」理由です。
税務面での違い｜買い手の税金
株式譲渡の場合（買い手）
買い手は株式の取得費として支出。取得費は資産計上され、損金にはなりません。
- 取得費の節税効果なし（資産計上のみ）
- のれん代が発生しないため、減価償却もなし
- 後日の株式売却時まで税効果は得られない
事業譲渡の場合（買い手）
買い手は事業譲渡でのれん代（営業権）を計上できる場合があり、5年間で減価償却できます。
- 譲渡対価 – 譲渡資産の時価 = のれん代
- のれん代を5年間で均等償却 → 損金算入で節税効果
- 消費税が課税される（取引対価の10%）
計算例：事業譲渡で5,000万円支払、譲渡資産時価3,000万円の場合
- のれん代 = 5,000万円 – 3,000万円 = 2,000万円
- 5年間で年間400万円ずつ損金算入
- 5年間の節税効果 = 400万円 × 30% × 5年 = 600万円
買い手の税負担比較
買い手にとっては、事業譲渡が税務上有利（のれん代の損金算入）。これが「買い手は事業譲渡を望む」理由です。
許認可の引き継ぎ｜業種別の違い
株式譲渡の場合
会社（法人格）が変わらないため、許認可も原則そのまま継承。ただし、責任者の変更届などは必要です。
- 建設業許可：継承（経営業務管理責任者の変更届）
- 宅建免許：継承（専任宅建士の変更届）
- 保険調剤薬局指定：継承（管理薬剤師の変更届）
- 運送業許可：継承（運行管理者の変更届）
- 介護事業所指定：継承（管理者の変更届）
事業譲渡の場合
許認可は原則として引き継がれず、買い手が新規取得する必要があります。取得期間は2〜6ヶ月かかるため、譲渡時期の調整が必要です。
- 建設業許可：新規取得（2〜3ヶ月）※2020年改正で事業承継認可制度あり
- 宅建免許：新規取得（1〜3ヶ月）
- 保険調剤薬局指定：新規取得（2〜3ヶ月）
- 運送業許可：新規取得（3〜6ヶ月）※2020年改正で事業承継認可制度あり
- 介護事業所指定：新規取得（2〜3ヶ月）
従業員・契約の引き継ぎ
株式譲渡の場合
会社（法人）が変わらないため、従業員・契約はすべて自動的に継承されます。個別の同意は不要です。
- 従業員：雇用契約はそのまま継続
- 取引先契約：自動的に継承
- 不動産賃貸契約：継承（一部、契約更新時に貸主の承諾が必要なケースあり）
- 銀行融資：継続（個人保証は新オーナーへの切り替え交渉が必要）
事業譲渡の場合
事業譲渡では、従業員・契約は個別に承諾が必要。承諾が得られないと、その従業員・契約は引き継げません。
- 従業員：個別に再雇用契約が必要（同意がない場合は移籍できない）
- 取引先契約：個別に相手方の承諾が必要
- 不動産賃貸契約：原則、貸主の承諾が必要
- 銀行融資：原則、引き継ぎ不可（買い手で新規借入）
簿外債務リスクの違い
株式譲渡の場合
会社をまるごと引き継ぐため、簿外債務（過去の労務トラブル・税務リスクなど）も買い手が引き継ぐ。これが買い手にとって最大のリスクです。
典型的な簿外債務：
- 未払い残業代
- 過去の税務調査未指摘事項
- 製品瑕疵による損害賠償リスク
- 環境汚染の補償義務
- 過去の労災事故の補償義務
事業譲渡の場合
事業譲渡では引き継ぐ資産・負債を契約で明示するため、簿外債務は引き継がれません。買い手にとって安全な手法です。
業種・状況別のおすすめ手法
株式譲渡が向いているケース
- 許認可が重要な業種：建設業・宅建業・運送業・調剤薬局・介護事業所
- 従業員数が多い会社：個別同意の手間を省きたい
- 取引先契約が複雑な会社：契約引き継ぎを自動化したい
- 売り手の税負担を最小化したい：20.315%の譲渡所得税で完了
事業譲渡が向いているケース
- 事業の一部だけ売りたい：複数事業から特定事業のみ切り出し
- 簿外債務リスクが心配な会社：買い手の安全確保
- 赤字会社の事業：黒字事業のみ切り出して売却
- 買い手にのれん償却の節税メリットを与えたい
- 個人事業主から法人への譲渡：法人格がないので株式譲渡できない
業種別の傾向
| 業種 | 主流な手法 | 理由 |
|---|---|---|
| 製造業 | 株式譲渡 | 従業員・取引先・許認可が複雑 |
| 建設業 | 株式譲渡 | 建設業許可の継承が容易 |
| 不動産業 | 株式譲渡 | 宅建免許の継承 |
| 飲食店（小規模） | 事業譲渡 | 店舗単位の譲渡 |
| 美容室（小規模） | 事業譲渡 | 店舗単位の譲渡 |
| IT企業 | 株式譲渡 | 従業員・知財の継承 |
| 医療法人 | 株式譲渡（出資持分） | 法人格の継続 |
| 個人診療所 | 事業譲渡 | 法人格がない |
| 調剤薬局 | 株式譲渡 | 保険指定の継承 |
| 運送業 | 株式譲渡 | 運送業許可の継承 |
株式譲渡 vs 事業譲渡の選択における交渉ポイント
売り手と買い手の利害対立
- 売り手の本音：株式譲渡（税負担が軽い・手続き簡単）
- 買い手の本音：事業譲渡（簿外債務リスク回避・節税効果）
典型的な妥協案
- 株式譲渡＋表明保証：買い手は簿外債務発覚時に売り手に賠償請求権を持つ
- 株式譲渡＋デューデリジェンス徹底：DDで簿外債務リスクを洗い出して買収価格に反映
- 事業譲渡＋譲渡対価アップ：売り手の税負担増を譲渡対価で補填
専門家のサポートが必須
手法選択は税務・法務・実務すべてに影響するため、顧問税理士・M&Aアドバイザー・弁護士と相談しながら進めることが必須です。
株式譲渡・事業譲渡の手続きの流れ
株式譲渡の手続き
- 基本合意契約（LOI）の締結
- デューデリジェンス（買収監査）の実施
- 株式譲渡契約書（SPA）の締結
- 株主総会の特別決議（譲渡制限会社の場合）
- 株式譲渡実行（対価支払い・株式名義書換）
- 役員変更登記・各種変更届
所要期間：3〜6ヶ月
事業譲渡の手続き
- 基本合意契約（LOI）の締結
- デューデリジェンス（買収監査）の実施
- 事業譲渡契約書の締結
- 株主総会の特別決議（譲渡対象が事業の重要部分の場合）
- 従業員への個別説明・再雇用契約
- 取引先・契約先への通知・承諾取得
- 許認可の新規取得申請
- 事業譲渡実行（対価支払い・資産移転）
所要期間：6〜12ヶ月（許認可取得期間含む）
株式譲渡 vs 事業譲渡の成功事例3選
事例1: 製造業オーナーが株式譲渡で5億円売却（Aさん・68歳）
関西の精密部品メーカーAさんは、株式譲渡で同業大手に5億円で売却。譲渡所得税約8,000万円を支払い、手元に4.2億円が残りました。事業譲渡だと税負担は約1.5億円になっていたため、株式譲渡を選択して7,000万円の節税。
事例2: 飲食チェーンが赤字店舗を切り出して事業譲渡（Bさん）
関東の飲食チェーンBさんは、不採算の3店舗を事業譲渡で他社に売却。法人格は維持しつつ、不採算事業のみ切り離しに成功。買い手は店舗事業のみ取得し、簿外債務リスクを回避できました。
事例3: 建設業の許認可を活かす株式譲渡（Cさん・70歳）
東北の建設業Cさんは、特定建設業許可・経審評点850という許認可価値を活かすため株式譲渡を選択。3億円で地方ゼネコンに売却。事業譲渡なら買い手が許可取得に2〜3ヶ月かかり、その間営業停止のリスクがあったため株式譲渡が最適でした。
株式譲渡・事業譲渡の失敗事例3選
失敗1: 株式譲渡後に簿外債務発覚（買い手が損害）
製造業を株式譲渡で取得した買い手企業。譲渡後に過去の労災事故の補償債務2,000万円が発覚。表明保証条項が不十分で、買い手が全額負担。DDの不徹底が原因。
失敗2: 事業譲渡で従業員の半数が離職
飲食チェーンの一部事業を事業譲渡。従業員への説明が不十分で、再雇用拒否者が半数を超え、譲渡後の事業継続が困難に。事前の従業員ケアが必須でした。
失敗3: 事業譲渡で許認可取得遅延
運送業の事業譲渡で、運送業許可の新規取得に6ヶ月を要し、その間営業停止。売上6ヶ月分の損失が発生。株式譲渡を選択していれば回避できた失敗。
株式譲渡・事業譲渡の手法選択チェックリスト
株式譲渡を選ぶべきチェック項目
- 売り手の税負担を最小化したい（20.315%税率）
- 許認可が重要な業種（建設・運送・薬局など）
- 従業員数が10名以上
- 取引先・契約が多い
- 会社全体を譲渡したい
- 手続きをシンプルにしたい
事業譲渡を選ぶべきチェック項目
- 事業の一部だけ売却したい
- 簿外債務リスクが懸念される会社
- 個人事業主の譲渡（法人格がない）
- 買い手にのれん償却の節税メリットを与えたい
- 赤字会社の黒字事業のみ切り出したい
- 許認可が不要な業種
よくある質問（FAQ）
Q. 株式譲渡と事業譲渡、どちらが多く採用されている？
A. 中小企業のM&Aの約7〜8割は株式譲渡。手続きの簡便さ・税負担の軽さ・許認可の継承などのメリットが大きいためです。
Q. 個人事業主のM&Aは可能？
A. 事業譲渡のみ可能。個人事業主には法人格がないため、株式譲渡はできません。法人化してからM&Aする選択肢もあります。
Q. 株式譲渡で簿外債務リスクを完全回避する方法は？
A. 表明保証条項の充実・徹底したDD・補償条項の設置が必須。100%回避は困難ですが、リスクを大幅に下げられます。
Q. 事業譲渡の消費税は誰が負担？
A. 買い手が消費税を負担するのが一般的。譲渡対価の10%が消費税として上乗せされます。ただし買い手側で仕入税額控除できる場合があります。
Q. 株式譲渡で経営者保証を解除する方法は？
A. 経営者保証ガイドラインの活用で、新オーナーへの保証切り替え交渉が可能。最近は無保証承継も増えています。
まとめ｜株式譲渡 vs 事業譲渡の選択は税務・実務両面の慎重な検討が必須
株式譲渡と事業譲渡の選択は、M&Aの成否を左右する最重要決断です。税務面では売り手は株式譲渡有利・買い手は事業譲渡有利という利害対立があり、互いの落としどころを見つける交渉が必要です。
あなたのM&Aを成功させるための3つの行動はこちらです。
- 業種・状況に応じた最適手法の判断：許認可・従業員数・税負担を総合考慮
- 顧問税理士・M&Aアドバイザーへの相談：税務シミュレーションの実施
- 表明保証・DDの徹底：簿外債務リスクの回避策
M&A手法の選択は、専門知識が必要な複雑な意思決定です。早めに専門家に相談することで、税負担の最小化・リスクの回避・スムーズな承継が実現します。
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